Le Microbiome corallien

Posté le 29 mai 2020 par

Il y a une petite semaine, nous avons cru bon de rappeler aux récifalistes quelques bases sur la Symbiose et les Zooxanthelles. Cette semaine nous allons rapidement voir le Microbiome et rappeler que les coraux sont des organismes complexes. Et qu’en plus des animaux qui vivent en symbiose avec les coraux tels que certains crustacés, éponges, poissons … il y a pas mal de micro-organismes aussi qui ont une importance primordiale.

Définition du microbiome

Ce concept embrasse les notions de communauté microbienne, de biodiversité microbienne, d’écologie microbienne et d’interactions durables et fonctionnelles entre différents micro-organismes et l’organisme.

Les microorganismes associés au corail sont importants à sa santé et à sa survie.  Ils sont  sensibles aux perturbations environnementales et à l’état physiologique de l’hôte. Par exemple, des interactions directes ont été trouvées entre l’immunité et la population microbienne associée.

Ces microorganismes d’une grande diversité peuvent être mutualistes, commensaux, ou pathogènes avec des densités allant jusqu’à 1 x 106 C/cm2  de tissu.

Ces communautés sont spécifiques à l’espèce de corail et peuvent être stables bio géographiquement et sous différentes conditions environnementales.

Microbiome du corail

Peixoto RS et al (2017).

Les différents organismes du microbiome

  • 1 : Les endolithes sont des organismes (Bactéries, archées, champignons, lichen algue ou amibe) qui vivent à l’intérieur du corail. Les algues endolithes notamment échangent des photosynthates avec le corail.

    Les tissus transparents des coraux permettent à juste assez de lumière de passer à travers pour subvenir aux besoins d’algues endolithiques vivant dans le corail.
  • 2 : Les archées, ou Archaea, anciennement appelés archéobactéries, sont des microorganismes unicellulaires procaryotes, c’est-à-dire des êtres vivants constitués d’une cellule unique qui ne comprend ni noyau ni organites, à l’instar des bactéries. Ces organismes participent par exemple au cycle de l’Azote.
  • 3 : Symbiodinium, les Zooxanthelles. Ces dinoflagellés, sont la principale source de carbone pour le corail, et produisent des antioxydants qui pourraient participer au contrôle des populations bactériennes. Le corail leur fournit la protection d’un abris, ainsi que des nutriments(4).
  • 5 : Les virus: Transferts de gênes, contrôle des bactéries et des algues par l’intermédiaire des phages.
  • 6 : Les bactéries participent au cycle des nutriments. Elles fixent le souffre pour le corail. Elles participent au contrôle biologique des pathogènes. Effet probiotique et antibiotique de certaines bactéries sur d’autres. Influence le recrutement et la métamorphose des larves de coraux. En échange le corail leur fournit la protection, un abri et des nutriments (7).
  • 8 : Les Champignons ont une activité anti-microbienne. Ils pourraient jouer un rôle dans la bio-minéralisation. Mais aussi dans la protection des cellules de la calcification, la protection contre les UV, mais aussi dans la fixation de l’Azote et du carbone.

Les différentes interactions

  • A : Mise à disposition de carbone et de soufre.
  • B : Disponibilité d’une source d’azote
  • C : Transfert de gênes bénéfiques
  • D : Mise à disposition d’azote
  • E : Mise à disposition de carbone et de soufre
  • F : Échanges de nutriments.
La compréhension de toutes ces interactions est nécessaire si l’ont veut comprendre des mécanismes comme le blanchiment des coraux.

Ce diagramme explique parfaitement les interactions entre les différents organismes responsables de la bonne santé du corail. Il met donc en évidence la complexité d’une telle association d’organismes.

La flore de nos aquariums est un équilibre subtil, et tout dérèglement engendre des phénomènes compliqués à rétablir.

PS : merci à Laurent Fouré, notre ami biologiste pour ces rappels.

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